第1集-爆炸案件失手酿成惨剧杀人连环案疑点重重
首尔涵西洞的建筑硝烟弥漫，这里刚刚发生了一起爆炸。NCI行动分析组队员们赶往现场，来到了扣押赵太秀的地方，勒令赵太秀说出拆弹步骤，远程指挥搜索要员崔尚贤，金贤俊等人拆除炸弹。
按照赵太秀的指示，搜索要员们来到了最后一个步骤——选择pass，还是by pass，赵太秀战战兢兢地说出了前者，队长姜基炯看着他略有晃动的面孔，否认了他的答案，向成员发送相反的信息，却被上级否决，选择了pass。
火焰喷射而出，张牙舞爪地吞噬了尚贤，爆炸声响彻天空。包括尚贤在内的四名队员，全部牺牲。金贤俊被医疗人员救出，坐在混乱的角落，眼泪止不住的流了下来。
几年后，在一片繁荣的都市中，一位女孩与一位二手车车主在网上约定看车，交易完成后，车主出动送女孩回家，然而后来，车主并没有按照女孩的指示，而是打晕了女孩，关在一处笼子中蒙蔽着双眼，任凭女孩撕心裂肺地哭泣也无济于事。
这一起朴仁慧案件，成为了连环杀人案的又一起惨剧。
河善雨来到一家讲座，在后排默默看着讲台上已经退隐多年的队长姜基炯，现如今是一位犯罪侧写师。讲座结束后，善雨来到姜基炯面前，劝说队长回归NIC，而队长却始终对当年的爆炸案难以释怀。晚上，妻子看出了姜基炯的担忧，劝解丈夫回归，自己和孩子在家里等他。
此时身为普通警察的金贤俊正在调查关于朴仁慧失踪的案件，NIC突然造访，联合警局进行侦查，金贤俊对于NIC当年误导爆炸一事耿耿于怀，气愤地跑了出去，河善雨无奈只好继续安排侦查，犯人有严重的强迫症，杀害下一个犯人的时间为一个星期后，因此拯救朴仁慧的时间，只剩下两天。
金贤俊来到朴仁慧最后出现的街道上查找监控，遇到了同样来侦查的善雨，善雨早已对这个看似游手好闲的警察有所兴趣，便请求载他一程，车上，善雨通过观察，说中了金贤俊特警出身的身份，却反被金贤俊反讽一番。路上，善雨接到同事敏英的电话，通过调查，发现朴仁慧是在手机二手老爷车的过程中被人骗走的。
来到DIC，正在所有人分析案情时，回归的姜基炯来到会议室，宣告朴仁慧已经死亡，金贤俊对姜基炯毫无根据的分析十分恼火，与姜基炯大吵起来。姜基炯看了看贤俊怒火的眼神，一眼就认出那个在爆炸案中生还的特警。金贤俊也清楚，这个男人正是害死自己好兄弟的罪魁祸首。
路人在垃圾桶找到了朴仁慧的尸体，果不其然，受害人真的遇害身亡，原来姜基炯在之前就查到还有一位隐形的死者没有列位，按照顺序，朴仁慧真正死亡时间将在今天。然而这一次的杀害，已经十分娴熟的凶手却像第一次一样十分犹豫，是发生什么心里变化还是并非此人行凶不得而知。
姜基炯召开会议宣告侧写结果，犯人年龄在20至30岁，身材普通，能言善辩，特立独行，有严重的偏执障碍，有过前科。
犯人朴宰民正如姜基炯所言，正在网上以兜售运动鞋为由，约到了下一个目标——尚贤的亲妹妹娜英，送给经常来帮忙照顾家人的哥哥好友贤俊。
上车后，娜英渐渐感到奇怪，担心出事的她偷偷打开手机拨打贤俊的电话，正当贤俊打回去时，犯人抢过娜英的手机，发出一声呼喊后，手机便抛出窗外。贤俊意识到娜英有危险，焦急地开车返回寻找娜英。
贤俊来到手机信号断开的地点，根据描述找到了车辆，并并根据路人的行车记录仪找到了车牌号，将其一举抓获。侧写人员勘察嫌疑人家中时发现了有关姜基炯写的书和当年误导搜索员拆弹的报道，发现此人对基炯十分关心。
根据凶手弃尸垃圾桶来看，宰民应该并不会随意丢在这种地方，而是带有偏执的另行谋划，因此一定有共犯保护宰民。贤俊查找宰民的车辆时，发现了一个揉碎的名片，上面写着叫马玄太的人，与此同时，善雨也在少年院查到了关于宰民的同窗马玄太的事情。晚上，善雨到马玄太工作的地方查证，却发现马玄太已经遇害。善雨出门追赶，却被一辆车撞翻在地，车中的人举起枪，朝向了善雨。
第2集-变态杀人犯终落网敏英列车遭危险
正当黑影中的人将要对着善雨开枪时，贤俊伴着警铃呼啸而来，黑影迅速上车逃跑，贤俊来到善雨身边，善雨忍着痛，坐上贤俊的车，让贤俊跟上车追捕犯人。
审讯室中，基炯从宰民的嘴中套出有关马玄太的背景，此人是宰民一个看守舍的舍长，少年院长时间不见天日，很多人因为受不了漫长的日子选择自杀，而舍长的职责正是阻止他们自杀，但当宰民的监狱中有人自杀时，舍长却命令宰民乱棍打死。
贤俊一路穷追不舍，却不禁黑衣人的横冲直撞，再阻挡车子撞到行人后放弃了追踪。善雨的伤口愈发严重，贤俊帮善雨包拔出刀后细心包扎好伤口，返回了马玄太死亡的现场。
马玄太含刀而亡，警方在他的身边发现了机票和机场导航书，并在手机中找到了与119的通话记录，马玄太想要落跑但遭到灭口。
敏英和李寒在宰民家中寻找线索，发现电脑设有虚假密码，只要输错5次就会自动销毁电脑中的文件，敏英二人四次均失败，直到最后一次，李寒看到宰民养的猫，分析宰民这样的缺爱之人定会将爱心补给自己养的宠物上，于是在猫的身上查找，果然项圈上印有拉丁语“filius”，意为儿子，李寒将filius输入电脑，终于成功。电脑中的文件正是关押娜英的地地方，娜英正在牢中挣扎不得。
基炯再一次审问起宰民，直截了当的戳穿了宰民的谎言：那天宰民告诉自己有关舍友自杀的故事是假的，真正自杀的人，其实是自己，而在旁目睹一切的，除了马玄太，还有一位地位居于马玄太之下的老二。
当时两人将宰民拖进锅炉房，将宰民百般折磨。正当宰民绝望之极时，一个黑影来到锅炉房，上帝一般降临在宰民身边，要为自己报仇，黑影一刀戳向了老二的大动脉，血光四溅。宰民惊恐又过瘾地欣赏着，从此，他便成了宰民的保护伞。
基炯质问那个杀害老二的凶手是谁，宰民绝口不提。经过基炯的分析，此人必定是那几年负责教育少年犯的教导官，于是命令善雨和贤俊排查所有2011年左右的教导官，却无一有嫌疑，正当二人准备离开，一个西装革履的长发男走进了少年院，他是缓刑教导官，不需要常驻院中，负责情况严重的犯人。贤俊察觉到，这类教导官具有极大的作案可能，善雨仔细回忆，猛然想起当初调查宰民时的那位教导官的办公桌上，所有东西顺序摆放丝毫不乱，善雨立刻锁定，是名为安尚哲的教导官。
晚上，安尚哲正坐在办公室，游说一位具有杀人欲望的学生尝试杀人，，突然，他瞥到楼下贤俊的车正秘密监视着他。此时二人等待许久，突然发现有人上了安尚哲的车准备离开，二人立刻追了上去，贤俊拦住车子，却发现开车的并非安尚哲，而是那个洗脑的学生，安尚哲正开着别的车奔走在另一条路上，举枪欢呼着。
李寒与IT能手NANA查看监控，发现牢狱上方的灯缓慢而有序的晃动着，监牢不在陆地上，而在船上，但只剩下不到一个小时，查询汉江口的所有船只如同大海捞针，姜基炯利用各种手段，攻破了宰民的心理防线，得到了娜英囚禁的船只。
此时娜英不断自救终于打开牢笼，但又被赶来的安尚哲掳走。基炯率队员赶来，带上贤俊一起在林中搜寻，根据指示来到了一所修炼院，此时安尚哲也正带着娜英来到了修炼院中，正准备绞死娜英，二人及时赶到，刺激安尚哲恼羞成怒，将枪开向基炯，贤俊瞬间制服安尚哲，保住了娜英的性命。
事后，基炯推荐贤俊到NCI工作，善雨赶来劝说时遭到拒绝，善雨告诉贤俊，爆炸案一事有误会，让贤俊再三考虑。贤俊也犹豫不决，来到尚贤的墓前，发现自己以前的领导也在那里，领导向贤俊坦白，那天是自己阻拦基炯做出了后悔终生的决定。
晚上，基炯翻出照片，一个笑容甜甜的女孩，在十几年前的渡江边被人杀害，看完照片，基炯拿出推荐书，决定去NCI报到。而这份案件，也是善雨挥之不去的阴影。
敏英结束工作后乘列车返回，途中遇到逃犯上车，逮捕七名人质，敏英十分危险。
第3集-贤俊列车案件初露锋芒开膛手时隔多年重新杀戮
几分钟前，列车像往常一样平稳地运行着，敏英NCI标志的文档不小心掉落，一位身穿蓝衣的胖男人目睹后紧张不安，身后，一位瘦削的男人正鼓励着这位名为曹硕欢的男人准备做些什么。列车长和便衣警察来到车厢，告诉敏英有逃犯阻拦列车，使得另一位逃犯混进车中，就在这时，曹硕欢一把抢过手枪，打死了便衣和列车员，将枪顶上了敏英的脑袋。贤俊来到NCI上班，被基炯召集到会议室分析本次列车案件，贤俊通过监控发现硕欢模样奇怪，拉近后，李寒判断硕欢具有自发运动障碍，无法控制自己，随时会有危险。
NANA远程搜寻了列车所有人的身份，曹硕欢原本是出众的工学博士，后来指责国家抢走自己专利后便精神失常，车中还有一位戴着帽子的男人身份不明，经过分析，正是混迹车中的杀人逃犯。
警察和NCI成员赶到现场，曹硕欢要求与最高层人物谈判，基炯如他所愿，坐上高级车姗姗来迟，在车内监控查探情况，基炯按兵不动，硕欢终于按捺不住，向NCI打电话，逼迫基炯取出他想要的某个东西，基炯答应下来，并套路硕欢争取一个小时的时间。
李寒注意到硕欢的胳膊有纵深的伤痕，是幻想自己胳膊里有追踪芯片导致的，硕欢所说的东西是指他幻想的微芯片，只有拿掉所谓芯片才能是他恢复理智。贤俊套出硬币，决定来到车厢，利用魔术蒙混过关。
贤俊假扮专家进入车厢，假意取出了硕欢的芯片，正当硕欢卸下心防交出枪时，逃犯突然大笑，戳穿了贤俊的把戏和身份，硕欢恼羞成怒将枪指向贤俊，千钧一发之际，贤俊突然将矛头指向逃犯，谎称逃犯觊觎硕欢的专利，暗藏芯片在胳膊中，正当硕欢枪口转换时，贤俊一脚踢飞硕欢，并将逃犯制服在地。
晚上，贤俊在办公室收拾东西，善雨经过时，无意间看到了贤俊与一位少女年少时的合影，善雨震惊不已，这个少女正是自己一直耿耿于怀的渡江边少女杀人案的被害者。而贤俊和她，是初恋的关系，贤俊一把夺过照片，善雨欲言又止，离开了办公室。
第二天，所有人员来到基炯的家中聚餐，晚上，大家聚在一起进行提问游戏，善雨借机询问渡江杀人案的问题，贤俊愣住了，随后答了出来。善雨点点头，将酒一饮而尽，渡江案件是两人的共同的伤，可以明了。
基炯接到电话，来到了总长的家中，总长是基炯以前侦查组的队长，如今病入膏肓。看到基炯，总长将连环杀人犯开膛手的案件背后的事实坦白。当年，基炯在那时已经锁定犯人正准备一举抓获时，总长却收到开膛手的威胁，继续追查全家性命不保。总长只好将基炯赶出侦查组。如今总长命不久矣，杀戮重新开始。
早上，警察赶到现场，一对男女被残忍杀害，基炯赶来，看到尸体身上多了一副上一位死者的眼镜，立刻认出了开膛手的习惯，立刻展开调查。
开膛手一贯让男子目睹女子被杀后，再将二人一并杀害。而女子身上的眼镜，正是当年被杀害后幸存的金永哲。NANA查到基炯一直关心的孙贤周记者每周三定期用公共电话与一个号码通话，并耗费大量时间写书还原开膛手的犯案过程，孙记者极有可能知道金尚哲的下落。
基炯通过孙记者找到了如今精神恍惚的金尚哲，说服他提供线索，在一番激励后，金尚哲写下联系的地址交给基炯。
一个正在野餐的一家四口被开膛手抓获，杀戮前，开膛手向基炯发出了死亡预警，基炯不为所动，杀完后，开膛手发现了躲在树后瑟瑟发抖的兄妹，开膛手冲着孩子肆虐地笑着。
NCI赶到现场勘察情况，发现有孩子生还后，贤俊与善雨来到医院，看到拒绝与外界交流的兄妹俩，贤俊找到哥哥，诉说自己小时候目睹身为警察的父亲被杀的事情，哥哥感同身受，终于敞开心扉。
临走前，哥哥将凶手留下的照片交给贤俊，是基炯妻儿的照片，善雨立刻联系基炯确认母子安全。然而在商场，妻子疯狂地寻找着儿子韩星，韩星泽被开膛手领到一处角落，拨打了基炯的电话。
